Строительство замка было начато по приказу сёгуна Токугавы Иэясу в 1601 году. Закончено строительство было в 1626 году, во время правления сёгуна Токугавы Иэмицу.
Части замка Фусими, были перенесены сюда в 1625—1626 годах. Так как Нидзё был возведён в основном из дерева, значительная его часть была уничтожена пожарами в 1788 и в 1791 годах.
После падения сёгуната Токугава замок Нидзё перешел во владения императорской семьи и был переименован во дворец Нидзё. С 1939 года комплекс Нидзё был передан городской администрации Киото и с 1940 года круглогодично открыт для посетителей.
В 1994 году он был занесен в список Всемирного наследия ЮНЕСКО — Исторический Киото. Входит также в число национальных сокровищ Японии.
На территории замка расположены несколько садов, вишневых рощ и деревьев японской сливы. Сад Ниномару включает в себя пруд, в котором есть три островка, экспозицию из искусно подобранных и расставленных камней и топиара.
