Окончил Харьковское гвардейское высшее танковое командное училище. Проходил военную службу в Венгрии и Белоруссии. В 1995—1999 годах учился в Военной академии бронетанковых войск им. маршала Р. Я. Малиновского.
В период боевых действий против незаконных вооружённых формирований в Чеченской республике в январе 1995 года при взрыве фугаса получил контузию головного мозга.
В августе 1998 года назначен командиром 160-го гвардейского танкового полка, в январе 2000 года получил звание полковника. В октябре и ноябре 1999 года Буданов дважды был контужен при разрыве снаряда и при обстреле танка из гранатомёта.
Кандидат в мастера спорта по самбо. Женат, отец двоих детей.
Послужной список Буданова поначалу ничем не отличался от тысяч подобных. Не спеша тянулась вверх стандартная офицерская лестница: командир взвода, роты, батальона, первая чеченская война, первая контузия... Все резко меняется накануне второй чеченской, когда 36-летний подполковник Буданов, заочно окончив Академию бронетанковых войск, принимает должность командира отдельного танкового полка (почти 100 танков). Через полтора месяца полк выдвигают из Забайкалья в Чечню, под начало командующего Западной группировкой войск генерала Шаманова. "Русскому генералу Ермолову", как восторженно называли тогда Шаманова, молодой и перспективный комполка приходится по душе.
Очень быстро Буданов получает звание полковника и орден Мужества. А вскоре страна узнает своих героев в лицо: первую полосу "Красной звезды" украшает будановский фотопортрет. За полком закрепляется прочная слава лучшего в группировке. (Комсомольская правда, 2002)
Самое главное - Буданов прошел пол-Чечни с ничтожными потерями. Всего один убитый механик-водитель! Этим не мог похвастаться ни один другой командир. Но в конце декабря начались бои в Волчьих воротах Аргунского ущелья. Задача полку Буданова - взять три господствующие высоты. Тут удачливый полковник понес первые потери.
Тяжело поддерживать дисциплину в остановившейся армии. Буданов делал это по своему разумению: орал на подчиненных, изредка бросал в них телефонами и всем, что попадет под руку. Говорят, дверь в его кунг была изрешечена, потому как полковник взял моду стрелять, если к нему заходили без стука.
Однажды Буданов стал свидетелем, как контрактник показал товарищу на проходившего мимо майора Арзуманяна: - Браток, стрельни-ка у этого "чурки" сигарету...Полковник рассвирепел. Избив солдата на месте, он тут же сходил к себе в палатку и принес избитому блок сигарет: - Это тебе покурить, сынок. И запомни, офицера "чуркой" называть нельзя.
«Я не считаю его "отморозком", - говорит адвокат полковника Анатолий Мухин. - Служака, патриот... Понятия "честь, армия, готовность закрыть амбразуру, если нужно будет Родине", для него и сейчас не пустой звук. Знаете, как его прозвал Шаманов? Водовоз. За то, что постоянно выделял полковую машину, чтобы привезти в Танги-Чу питьевой воды. А под Дуба-Юртом Буданов на свою ответственность открыл проход для трех с половиной тысяч беженцев на КПП полка, хотя имел строгий приказ этого не делать. Просто понял, что это может обернуться бунтом...»
Удручающим стало состояние Буданова после тяжелых боев в Аргунском ущелье, где от снайперов полегло немало его боевых друзей. Буданова отправили в отпуск. Родные заметили резкие перемены в его поведении - раздражительность, нервозность, постоянные головные боли, немотивированные вспышки ярости. Он постоянно плакал над снимками погибших друзей, клялся, что разыщет "того самого снайпера". Этот случай представился, когда один из задержанных боевиков указал на подозрительные дома. Мол, в одном из них и жила-де некая женщина-снайпер. За нее сочли 18-летнюю Эльзу.
Экспертиза установила, что в момент ее убийства имело место временное болезненное расстройство психического состояния Буданова, и поэтому на тот момент его следует считать невменяемым. («Парламентская газета», 2002)
Трагические события, ставшие сегодня предметом судебного разбирательства, произошли в ночь на 27 марта 2000 года в селе Танги-Чу. Еще днем 26 марта, как установило следствие, Юрий Буданов, будучи командиром 160-го танкового полка, расположенного в Чечне, устроил совместную пьянку с подчиненными и с начальником штаба полка Иваном Федоровым.
Затем, уже изрядно набравшись, Федоров приказал открыть огонь на поражение по одному из домов поселка Танги-Чу Урус-Мартановского района Чечни - позже на суде оба утверждали, что дом якобы был нежилым и использовался боевиками в качестве "наблюдательного пункта". В половине первого ночи 27 марта эпицентр событий перемещается в поселок Танги-Чу. Здесь Буданов еще с тремя военнослужащими насильно забирают из дому 18-летнюю Эльзу Кунгаеву, вталкивают в БМП и увозят в расположение полка. Дальше, по версии следствия, Буданов лично допрашивал ее, потом задушил (!), и около трех часов ночи 27 марта по приказанию Буданова сопровождавшие его военнослужащие увезли труп Кунгаевой и закопали в лесопосадке. Сам Буданов сначала заявил, что, мол, убитая чеченка была, оказывается, снайпером. Потом с полковника сняли обвинение в изнасиловании Эльзы Кунгаевой. (Эхо, Баку, 2002)
Бывший командующий 58-й армией СКВО генерал Владимир Шаманов о Буданове. «Он никогда не прятался за спины солдат. Бывало, что для ликвидации снайперских лежек (они расположились на кладбище селения Дуба-Юрт, занятого боевиками) Буданов на танке с экипажем, без дополнительного сопровождения прорывался вперед. Он был всеобщим любимцем, потому что ни за одну удачную операцию не заплатил жизнью солдат. Это была его заповедь». (Российские вести, 2001)