По преданию, во времена распространения христианства апостол Андрей Первозванный двигался на Север, проповедуя Евангелие. Пройдя Днепр и Волхов, ученик Христа вошёл в «бурные и вращающиеся воды озера Нево» и установил на «горах Валаамских» каменный крест. По одной из двух концепций возникновения монастыря спустя 900 лет двое иноков, Сергий и Герман, пришли «из восточных стран» (возможно, из Греции) и основали на одном из островов монашеское братство. Письменные источники («жития»), свидетельствующие о жизни и деяниях преподобных, считаются утраченными. Вторая концепция относит основание монастыря к X – XI векам. Она опирается на одну из редакций жития преподобного Авраамия Ростовского, содержащую упоминание о пребывании преподобного на Валааме в X веке, а также на ряд летописных упоминаний о переносе мощей преподобных Сергия и Германа с Валаама в Новгород в 1163 году.
Относительно достоверная документальная история Валаамского монастыря начинается с XIV века. В «Сказании о Валаамском монастыре» указан год основания — 1407 год:
К началу XVI века на архипелаге жили около 600 монахов, но неоднократные нападения шведов привели к запустению благодатного острова.
В 1715 году Пётр I по просьбе архимандрита Кирилло-Белозёрского монастыря издал указ (не сохранился?) о восстановлении Валаамской обители. В 1720 году построен деревянный Спасо-Преображенский собор, келейные корпуса и вспомогательные помещения. К 1730 году возведена Успенская церковь, построена деревянная ограда, но пожар 1754 года уничтожил эти первые постройки. Императрица Елизавета Петровна прилагала усилия для восстановления монастыря, но в 1765 году в нём жило всего 11 монахов. Усилия не пропадали даром и в 1774 году освящён храм Преображения Господня. Вокруг храма в виде квадрата были построены келейные помещения, по углам которого возведены Успенская («зимняя», то есть отапливаемая) и Никольская церкви. В 1805 году в южной части наружного каре была воздвигнута надвратная церковь во имя Святых апостолов Петра и Павла, а в северной - больничный храм во имя иконы Божией Матери "Живоносный Источник". Над островом теперь возвышается монастырская колокольня 72-метровой высоты. В свою очередь был отлит и самый большой среди валаамских колоколов — колокол в честь апостола Андрея Первозванного весом в 1000 пудов.
Спасо-преображенский собор. 2003 г.
Наибольший подъем обители пришёлся на XIX век. Игумен Назарий, возглавивший монастырь в 1781 г., начал большое каменное строительство. В 1839 году на пост настоятеля был назначен отец Дамаскин, который в течение 42-х лет руководил обителью. Именно он добился, чтобы строительные работы на острове велись только под руководством квалифицированных архитекторов. Первым, кого он пригласил, был петербургский архитектор, академик Алексей Горностаев. Отец Дамаскин установил для братии суровый режим: обязательное попечение старцев о послушниках и молодых монахах, неукоснительное посещение церковных служб, многочасовые трудовые послушания. После смерти Дамаскина монастырём управлял его преемник Ионофан II, который смог осуществить наиболее масштабное начинание игумена Дамаскина - строительство нового величественного Спасо-Преображенского собора, рассчитанного более чем на 3000 человек.
Валаамские подвижники желали превратить свою обитель в Новый Иерусалим, благодаря чему на острове в начале 20-го века появились названия, отсылающие ко временам Нового Завета: Кедрон, Гефсимания, гора Елеон, Воскресенский скит.
К началу Первой мировой войны на острове проживало около 1000 человек. С 1811 по 1917 архипелаг входил в состав Финляндского княжества Российской империи. Революция 1917 года привела к тому, что Валаам вошел в состав вновь образованной Финляндии и обитель оказалась церковью нацменьшинства (основная религия Финляндии — лютеранство). Начиная с 1925 года стали проводиться службы на финском языке, а сами острова основательно были укреплены в военно-инженерном отношении.
Во время советско-финской войны 1939—1940 монастырь попал в зону боевых действий и монахи, принявшие к тому времени финское подданство, покинули острова, увезя с собою всё самое ценное (включая колокола). Они осели в местечке Хейнявеси (Heinävesi) в Финляндии, в усадьбе Папиниеми. Там возник монастырь, получивший название «Новый Валаам». По окончании Великой Отечественной войны данный монастырь был присоединён на несколько лет к Московской Патриархии, но территориально остался в подчинении Финской Православной церкви. В 1977 службы на русском языке в прекратились, в 1981 умер последний русский монах. Сейчас монастырь продолжает действовать как финская православная обитель и принимает в год более 100 тысяч посетителей — как паломников, так и туристов.
Осенью 1940 на самом острове Валаам, в монастырских корпусах, была организована школа боцманов и юнг, которая в 1941 была эвакуирована на оборону Ленинграда. По окончании войны в 1944 году финские войска покинули остров, и на острове было размещено подсобное хозяйство Питкярантского целлюлозного завода, организовано лесничество, восстановлена монашеская метеостанция. В 1950 году в бывших кельях и скитах разместили устроили Дом инвалидов войны и труда, который был переведен на материк в 1984. Только с 1960-х годов на остров стали приходить первые теплоходы с туристами. В 1979 году на территории организован музей-заповедник, и немного позже началась реставрация памятников.
